La conquista y dominación de las poblaciones americanas por parte de los españoles a partir del año 1492, impuso como única a la religión católica, que llegó a sustituir el sistema de creencias y prácticas religiosas al introducirles el culto a Cristo, a la Virgen y los Santos.

La devoción al Cristo negro de Esquipulas, introducida en Costa Rica por los frailes franciscanos en las primeras décadas del siglo XIX, alcanzó una gran importancia y transcendencia en varios pueblos de nuestro país tales como: Santa Cruz de Guanacaste y Alajuelita, en San José. Ya a inicios del siglo XX, se instaura en la ciudad de Alajuela, también en Dulce Nombre de Cartago y en Esquipulas, en el cantón de Palmares de Alajuela.

Los frailes franciscanos llevaron a Alajuelita la devoción del Cristo Negro en 1818, la historia dice que fueron los señores Ascensión Mora, Cruz Echeverría y Ascensión Ávila, fieles devotos y vecinos de Alajuelita, quienes encargaron a un escultor cartaginés la talla de una imagen.

Los vecinos al ver la imagen se arrodillaban y así pronto se hizo necesario contar con un sitio en donde rendirle culto. Fue así que en el año 1836 se le construye una ermita de adobes, la cual es demolida en 1904 para levantar en su lugar un templo más amplio, posteriormente denominado Santuario Nacional en honor del Santo Crucificado de Esquipulas. La obra se realizó durante el episcopado de monseñor Juan Gaspar Stork Werth, tercer obispo de Costa Rica. El 15 de enero de 1907, la iglesia fue declarada, por el Papa Pío X, como Santuario Nacional

En 1884, la imagen, fue sustituida por una de 2 metros de alto traída desde Guatemala utilizada hasta el 2009 cuando se remplazó por una similar hecha en ese mismo país, pues la imagen que hasta esa fecha se utilizaba se estaba deteriorando debido a su antigüedad.

La devoción al Santo Cristo de Esquipulas en el cantón de Alajuelita, establecida oficialmente en el año 1845, comprende diversos actos litúrgicos y religiosos, por ejemplo, la Misa solemne del 15 de enero, la romería, con la participación de muchos devotos de todo el país, la novena, la reventadera de bombetas. Estas actividades cuentan siempre con el apoyo de la Cofradía del Santo Cristo de Esquipulas.

Anualmente, las fiestas del Cristo Negro atraen numerosos visitantes en el mes de enero y durante todo el año; donde aprovechan para degustar de la famosa bebida Chinchiví.

La devoción al Cristo Negro de Esquipulas se ha extendido por todo el país, pero es en Santa Cruz y en el cantón de Alajuelita dónde existe en mayor medida.